اين مسجد در بين راه نجف و كوفه، سمت شمال آن، واقع است. بنا به نقل‌های تاریخی دو واقعه در این مکان رخ داده است. یکی این‌که هنگام تشییع شبانه امیرالمؤمنین (ع) از کوفه به نجف وقتی بدن مطهر حضرت را از کنار این مکان عبور می دادند دیوار از ناراحتی خم شد.

ابن مسكان گوید: از امام صادق (ع) پرسیدم: این ستون كه در راه نجف مى باشد چیست؟ امام (ع) فرمود: آرى، هنگامى كه جنازه امیرالمؤمنین(ع) را از این‌جا عبور می‌دادند همین ستون از اندوه بر درگذشت حضرتش خم شد، چنان كه تخت ابرهه هنگام ورود عبد المطلب بر او خم شد.[1]

دوم این‌که به هنگام حمل سرهاي مبارك شهيدان كربلا به كوفه، سر مقدس اباعبدالله (ع) را بر زمين اين مسجد گذاشتند. گفته‌اند در اين هنگام صدايي شبيه به ناله بچه شتري (حنانه) كه مادرش را گم كرده باشد بلند شد.

از مفضل نقل شده كه حضرت صادق(ع) نزد ستون حنانه دو ركعت نماز گزارد، هنگامی که علّت را پرسيدند، فرمودند: [وقتي سرهای شهيدان کربلا را به کوفه می‌آوردند تا نزد عبيد الله بن زياد ببرند] سر جدم حسین(ع) را در اینجا نهادند.[2]

برخي نيز گفته اند اين نام برگرفته از «حنا»، دير قديمي مسيحيان، بوده است.[3]

مسجد حنانه ضريح كوچكي دارد و در نزديكي مسجد فوق، مقبره «الثويه» واقع است كه بسياري از ياران و صحابه امام علي(عليه السلام) در آن جا دفن شده اند.

[1] . عَنِ ابْنِ مُسْكَانَ عَنْ جَعْفَرِ بْنِ مُحَمَّدٍ ع قَالَ: سَأَلْتُهُ عَنِ الْقَائِمِ فِي طَرِيقِ الْغَرِيِّ فَقَالَ نَعَمْ إِنَّهُ لَمَّا جَازُوا بِسَرِيرِ أَمِيرِ الْمُؤْمِنِينَ عَلِيٍّ (ع) انْحَنَى أَسَفاً وَ حُزْناً عَلَى أَمِيرِ الْمُؤْمِنِينَ ع وَ كَذَلِكَ سَرِيرُ أَبْرَهَةَ لَمَّا دَخَلَ عَلَيْهِ عَبْدُ الْمُطَّلِبِ انْحَنَى وَ مَال‏ (بحار الأنوار (ط - بيروت)، ج‏97، ص: 455)

[2] . عَنِ الْمُفَضَّلِ قَالَ: جَازَ مَوْلَانَا جَعْفَرُ بْنُ مُحَمَّدٍ الصَّادِقُ ع بِالْقَائِمِ الْمَائِلِ فِي طَرِيقِ الْغَرِيِّ فَصَلَّى عِنْدَهُ رَكْعَتَيْنِ فَقِيلَ لَهُ مَا هَذِهِ الصَّلَاةُ قَالَ هَذَا مَوْضِعُ رَأْسِ جَدِّيَ الْحُسَيْنِ ع وَضَعُوهُ هَاهُنَا (بحار الأنوار (ط - بيروت)، ج‏97، ص: 454)

[3] . احمد زماني، سرزمين خاطره ها، ص436